Храмът е построен през VI век по времето на византийския император Юстиниан I върху основите на по-ранни църкви от IV век. Той е посветен на Божията премъдрост (на гръцки „София“). В християнската традиция София често се разглежда като олицетворение на Иисус Христос, който е Божията Премъдрост, както е посочено в Новия Завет (1 Кор. 1:24).
Първите разкопки в основите на църквата „Света София“ през 1893 г. и последващите – през 1910-11 г. и втората половина на ХХ в., откриват зидове на още няколко храма-предшественици със същото име. Едни археолози споменават три, други – пет. Историята на храма започва с построяването на цимитериална (гробищна) еднокорабна църквица с размери 10,10 м на 4,65 м недалеч от укрепените крепостни стени на римска Сердика (Сардика), днешна София, на възвишение в източната част на некропола. Това станало по времето на император Константин Велики – скоро след издадения от него през 313 г. Милански едикт. Самият император често посещавал града, казвайки: „Моят Рим е Сердика!“
„Света София“ е базилика с изчистен и строг дизайн, характерен за раннохристиянската архитектура. Планът е кръстовиден, а интериорът впечатлява със своята семпла елегантност и хармонични пропорции. Под храма се намира обширен археологически комплекс, включващ останки от римски улици, некропол и основи на по-ранни християнски църкви.
Храмът е не само исторически паметник, но и символ на духовната сила и устойчивост на християнството в региона. През 1930 г. е обявен за паметник на културата, а в годините след това са извършени мащабни реставрации, които го превръщат в един от емблематичните обекти на София. Името „Света София“ не се отнася до светец, а до самата Божествена Премъдрост – Иисус Христос, според християнската догматика.
Днес базиликата „Света София“ е действащ храм и място за поклонение, както и популярна туристическа атракция, привличаща посетители със своята дълбока история и архитектурна красота. Редовно се организират екскурзии и образователни програми, които разкриват богатството на християнското наследство и култура. Храмът „Света София“ е неразделна част от културното наследство на София и България, символизиращ приемствеността и устойчивостта на християнската вяра през вековете.